Bioconductor 软件仓库

项目简介

Bioconductor 为高通量基因组数据的分析和可视化提供开源工具。Bioconductor 多数软件包采用 R 统计编程语言开发。Bioconductor 每年释出两个版本,并有活跃的用户社区。

使用方法

Bioconductor 镜像源配置文件之一是 .Rprofile(linux 下位于 ~/.Rprofile, Windows 下位于 ~\library\base\R\Rprofile)。

在文末添加如下语句或在 R/RStudio 终端下键入:

options(BioC_mirror="{{endpoint}}")

即可使用该 Bioconductor 镜像源安装 Bioconductor 软件包。命令如下:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("$package")

离线使用

如果您只能访问内网镜像站,在完成下列步骤后,依然可以正常使用 Bioconductor 镜像。
1. 确保 BiocManager 的版本不低于 1.30.12
2. 使用一台可以访问公网的设备,访问 https://bioconductor.org/config.yaml 下载 config.yaml,并将该文件拷贝到 BiocManager 所在的内网设备上。然后,在 ~/.Rprofile 添加如下配置:

options(
    BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE = "file:///path/to/config.yaml"  # config.yaml 所在的路径
)